Летом 2001 года началась разработка компьютерной игры Nexuiz, которая первоначально развивалась в качестве модификации для Quake, однако затем была перенесена на самостоятельную основу, используя в качестве технологической базы игровой движок DarkPlaces и распространяясь под свободной лицензией. Инициатором разработки стал Ли Вермулен (англ. Lee Vermeulen). На протяжении нескольких лет игра активно развивалась командой разработчиков и сообществом игроков.

В начале марта 2010 года компания IllFonic, специализирующаяся на разработке компьютерных игр, приобрела у инициатора разработки Nexuiz, Ли Вермулена, права на использование марки, доменного имени и наработок, осуществлённых разработчиками проекта, с целью портирования игры на консоли PlayStation 3 и Xbox 360. Также компанией IllFonic была заключена договорённость об использовании движка DarkPlaces, автором которого является Форест «LordHavoc» Хейл (Forest «LordHavoc» Hale).

Согласно ряду сведений, сделка на использование наработок оригинального Nexuiz в консольной версии была заключена без оповещения других разработчиков, а компания IllFonic отказалась делиться своими наработками с сообществом создателей оригинального Nexuiz, когда теми производились попытки найти консенсус. Позднее стало известно, что компанией IllFonic было принято решение отказаться от всех наработок оригинального Nexuiz, включая игровой движок. Таким образом, консольные версии и оригинальная ПК-версия являются отдельными играми и будут развиваться параллельно. Версия Nexuiz для консолей использует движок CryEngine 3 разработки Crytek.

Часть разработчиков Nexuiz, недовольных сложившейся ситуацией, основали отдельную команду, начав разработку Xonotic — форка Nexui.

В первой версии (0.1), которая вышла 23 декабря 2010 года, были переработаны некоторые аспекты оригинального Nexuiz: создано новое оформление для меню, переписан код управления оружием, созданы новые модели игроков и анимация, новые локации (старые карты также были переработаны). В качестве дальнейших перспектив разработчики отметили необходимость создать более определённую визуальную стилистику, более развитый искусственный интеллект, а также очистить игру от низкокачественного контента предыдущих версий. На логотипе Xonotic изображён феникс, что символизирует возрождение. Кольцо по центру, похожее на логотип Quake, является данью уважения этой игре.

8 сентября 2011 года вышла версия 0.5, являющаяся вторым публичным релизом игры. Появилась поддержка языковых локализаций: версия 0.5 вышла, комплектуясь переводом на немецкий, испанский, французский, итальянский, венгерский, нидерландский, португальский, румынский, русский и финский языки. Перевод выполнялся сообществом игроков из соответствующих стран. Также было добавлено пять новых локаций, на которых могут вестись многопользовательские сражения; появилась поддержка транспортных средств, был оптимизирован баланс и исправлено множество технических недоработок.

8 марта 2012 года вышла версия 0.6, приуроченная ко второму дню рождения проекта. Добавлена поддержка Client-side QuakeC (CSQC) при игре по сети. В связи с этим нововведением обработка анимации моделей и уровень их детализации переносится на сторону клиента, что позволило улучшить производительность при игре по сети без каких-либо потерь в качестве. CSQC позволяет вести более гибкую разработку и улучшенное тестирование, так как при запуске на сервере более новой версии CSQC клиентская сторона динамически получает все необходимые изменения.

Интегрирована онлайн база данных статистики «XonStats», позволяющая сохранять различные данные для дальнейшего просмотра онлайн. При первом запуске игры будет задан вопрос о том, какие данные могут быть опубликованы открыто. В новой версии используется sRGB-рендеринг по умолчанию, что позволяет отрисовывать более реалистичные тени и освещение: углы стали не такими темными, как раньше, а освещение менее ярким.

Добавлены четыре новые карты: Lightspeed, Solarium, Drain, Darkzone. Новые модели оружия: Laser и Minstanex. Был переработан интерфейс меню, а также добавлены украинский и греческий языки переводов, обновлены испанский, французский, немецкий, венгерский переводы. Новый развлекательный тип игры Sandbox позволяет создавать сцены с использованием моделей игроков, а затем делиться ими с друзьями. В данный момент Sandbox имеет некоторые ограничения, ожидаются улучшения в будущих версиях игры.

Xonotic Portable 0.8 is an addictive, arena-style first person shooter with crisp movement and a wide array of weapons. It's packaged in PortableApps.com Format so it can easily integrate with the PortableApps.com Platform. And it's open source and completely free.

Features
Xonotic is an addictive, arena-style first person shooter with crisp movement and a wide array of weapons. It combines intuitive mechanics with in-your-face action to elevate your heart rate. Xonotic is and will always be free-to-play.

Xonotic Portable is packaged in a PortableApps.com Installer so it will automatically detect an existing PortableApps.com installation when your drive is plugged in. It supports upgrades by installing right over an existing copy, preserving all settings. And it's in PortableApps.com Format, so it automatically works with the PortableApps.com Platform including the Menu and Backup Utility.